EPON组网建设成本
EPON设备价格高于常规以太网硬件设备，成本优势只有在大型项目中得到体现，中小型项目不是很适用。
EPON设备不同厂商兼容性问题
首先是由于IEEE802.3ah只规定了MAC层和物理层，MAC层以上的标准要靠制造商自行开发，因而带来灵活性的同时也造成了不同厂商设备兼容性差及互操作性差的缺点，会导致后期及扩容对设备厂商的选择单一。
线路编码
采用了8B/10B线路编码，每10bit中有8bit有效数据，效率马上降到80%，所以其有效上行传输总带宽为1Gbit/s，即1000Mbit/s。
系统开销大
Overhead（系统开销），在计算机网络的帧结构中，除了有用数据以外，还有很多控制信息，这些控制信息用来保证通信的完成。这些控制信息被称作系统开销。
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- EPON上行的系统运行开销及其占总带宽的比例如下：
- 用于突发接收的物理层开销：约3.5%；
- 以太网帧的封装开销：约7.4%；
- MPCP(多点控制协议)和OAM（运行管理维护）协议开销：约2.9%；
- DBA算法造成的剩余时隙（即不足以传输一个完整以太网帧的时隙）浪费：约0.6%；
EPON上行总开销为上述开销之和约144Mbit/s，实际可用理论带宽约为856Mbit/s（即1000Mbit/s-144Mbit/s）。
点到点的光纤接入方式可以通过链路汇聚的方式增加链路带宽，充分利用率交换机设备的端口资源多的特性。
上行频宽共享
上行的频宽是所有的ONU一起共享，采用TDMA（时分多址）技术，同时间只能有一台ONU上传资料。
因此在规划前端点位时候要考虑好每一条EPON主干光缆线路是否能够满足所有节点的带宽需求。
二层互通不方便
ONU各端口以及各个ONU之间都是隔离状态，保证安全的同时也带来了ONU与ONU之间不能互访的问题，解决方案是更换性能更好的OLT或在原有OLT设备上增加以太网三层交换机或开启OLT代理功能，这样会影响设备配置及成本预算。